Bibliotheca a fundatore mazarinea : die Inschrift auf dem Giebel der östlichen Säulenhalle des Innenhofs weist auf die Bestimmung dieses Flügels des Palais de l'Institut hin und lässt die Erinnerung an seinen Gründer, Kardinal Mazarin, fortbestehen. Das Wappen des Kardinals schmückt das Giebelfeld und seine Büste, die von Lerambert um 1664-1669 hergestellt wurde, befindet sich neben dem Eingang mit Blick auf den Innenhof.

   Der Zugang zur Bibliothek führt über eine Treppe, die 1824 von Léon Biet nach den Plänen von Vaudoyer gebaut wurde. Sie ist von einer ovalen Galerie umgeben, die mit antiken Büsten geschmückt ist und durch ein Glasdach erhellt wird. Die Treppe beschreibt eine halb-ovale Kurve, vorbei an Nischen mit Büsten, und man gelangt zu einem Treppenabsatz, auf dem man zwei gewaltigen Türen gegenüber steht. Über der einen ist die Inschrift Museum, über der anderen Bibliotheca in schwarzen Marmor eingraviert.

   Hinter dieser Tür befindet sich ein kleiner achteckiger Saal, der als Atrium Colbertinum bezeichnet wird und die Kataloge der Bibliothek beinhaltet. Diese stehen teilweise in elektronischer Form zur Verfügung, teilweise bestehen sie jedoch noch aus Tausenden von Karteikarten, die in den Schubladen an den Wänden des Raumes systematisch geordnet aufbewahrt werden. Gegenüber dem Eingang führt eine mit rotem Marmor verkleidete und mit Rosetten verzierte Tür zum Lesesaal. Über ihr befindet sich die Inschrift Mazarinaea.

   Wenn man den Lesesaal betritt und sich umdreht, kann man einen Blick auf das Wappen von Mazarin werfen. Es befindet sich über einer Plakette aus schwarzem Marmor, die die Aufschrift Salle Gabriel Naudé trägt und so den Gründer der Bibliothek mit seinem wahren Schöpfer verbindet.

   

   Der Lesesaal ist 65 Meter lang - wobei der Raum mit Blick zur Seine 18 Meter misst und die Galerie sich über 47 Meter erstreckt - 8 Meter hoch und 8 Meter breit. Die Galerie, die von Pierre Le Muet entworfen wurde, stammt aus der Bibliothek in Mazarins Hotel in der Rue Richelieu. 1689 wurde die gesamte Ausstattung, das heißt Bücher, Holzverkleidung, Säulen, Regale, Pulte und Balkon in den Ostflügel des von Le Vau erbauten Gebäudes gebracht. Vierundfünfzig gerillte korinthische Säulen tragen einen Balkon, dessen unterer Fußboden mit Liktorenbündeln und Sternen geschmückt ist, wie man sie auch im Wappen von Mazarin wiederfindet. Die Säulen gliedern außerdem die harmonische Abfolge der 18 Fenster und 32 Regalfächer.

   Der Saal ist mit Kunstgegenständen, Möbeln, antiken und klassischen Büsten (aus Marmor, Bronze oder Terrakotta, aufgestellt auf Sockeln aus Marmor oder Alabaster) geschmückt, die zum Großteil aus Beschlagnahmungen während der Revolutionszeit stammen.

   In der kleinen Galerie hängen zwei Kronleuchter in Rokokostil aus vergoldeter und punzierter Bronze. Sie gehörten der Marquise de Pompadour und werden dem Bildhauer Caffieri zugeschrieben. Die wunderschöne Pendeluhr im Stil Louis XV mit einer Einlegearbeit aus Rosenholz und Königsholz soll aus dem Arbeitszimmer von Louis XVI stammen.

   Am Ende der großen Galerie, die von vier Kronleuchtern im Stil Louis XIV und einem von Boulle hergestellten Leuchter erhellt werden, kann man zwei Kommoden aus Mahagoniholz im Stil Louis XVI bewundern. Außerdem befinden sich hier ein Himmelsglobus von Coronelli und ein Schreibzeug aus Marmor mit dem Wappen der Familie Condé, der dem Sieger der Schlacht von Rocroi gehört haben soll.