De par sa position d'auteur, d'académicien et de secrétaire du Journal des savants, Lebrun a été témoin et a participé à de nombreuses querelles d'écrivain.

Feuillet de Conches écrit à Lebrun très en colère, dans une lettre datée du 7 mai 1841. Il se trouve qu'il publie la correspondance de Malebranche et il s'est aperçu que Victor Cousin avait publié des extraits de cette même correspondance dans le Journal des savants : "Je ne puis, néanmoins, oublier que le secrétaire de bureau du Journal des savants était averti du cas en litige [...]. Nul n'a le droit de prendre dans la poche de son voisin ; nul n'a le droit de contrefaire, fût-il professeur de morale : vérités banales, purs lieux communs. Or, les manuscrits de Malebranche, j'avais seul le droit de les publier : je les ai publiés. Car de deux choses l'une : ou le Journal des savants donnera les lettres avant la mise au jour de mon volume, ou après cette mise au jour. Si avant, comme je suis de parole engagé avec un éditeur, ce sera pour moi un devoir de faire honneur à ma parole et de poursuivre pour le couvrir. Si c'est après la publication de mon volume et par conséquent après la signature du contrat de vente, ce sera l'affaire de l'éditeur. Or, tout le monde sait qu'un libraire n'est point en général d'humeur à se laisser contrefaire et à jeter au vent ses dépenses." (Carton 9, liasse 5, lettre 38).

Lebrun, par la place qu'il occupe dans le bureau du Journal des savants, choisit quels articles peuvent figurer dans la revue. Mais c'est sans compter sur les écrivains, qui ne sont pas toujours d'accord avec lui. C'est le cas de son ami Victor Cousin, qui se voit refuser la fin de la publication de plusieurs articles. Il lui écrit deux lettres, les 4 et 6 avril 1852 pour lui dire son mécontentement : "Il y a deux manières d'être désagréable à un auteur d'articles et de détruire tout leur effet : c'est ou de les couper en petits morceaux, devenus par là insignifiants, et qui font durer la publication entière jusqu'à la vie éternelle. C'est encore d'en suspendre la publication, en sorte que, lorsqu'un nouvel article paraît, on ait oublié les précédents [...]. Je proposerai [à mes confrères] ma démission en faveur d'un de mes amis. Cette démission est nécessaire. Vous avez une théorie sur ce que doit être un article du Journal des savants, à laquelle mes vieilles habitudes ne me permettent pas de me soumettre." (Carton 8, liasse 1, lettres 4 et 6).