Un fonds ancien encyclopédique (XVIe-XVIIIe siècles) : théologie, controverses religieuses (jansénisme notamment), histoire, politique, droit, littérature, sciences (médecine en particulier), éditions latines, françaises et étrangères (notamment italiennes, espagnoles et anglaises).
Un fonds moderne spécialisé en histoire (XIXe-XXe siècles) : histoire religieuse, littéraire et culturelle du Moyen Âge (XIIe-XVe siècles) et des XVIe-XVIIe siècles, histoire du livre, histoire locale et régionale de la France. Aujourd'hui, la politique documentaire de la Bibliothèque s'organise autour de ces thématiques en privilégiant la France sans exclure l'Europe.
Le support papier (ouvrages et périodiques) occupe une place prépondérante mais la Bibliothèque acquiert aussi des ressources électroniques (CD-roms, DVD-roms, abonnements en ligne) signalées dans le catalogue et consultables en salle de lecture.
Manuscrits médiévaux (textes sacrés, théologie, droit), manuscrits des XVIe-XVIIIe siècles (théologie, controverses religieuses, histoire, politique, littérature) et manuscrits des XIXe-XXe siècles (éléments de correspondance, notes de travail) (voir la présentation des manuscrits).